筑层次分明，错落有致。地下隧道纵横交错，汽车和坦克均可以通行，不但“三军统帅”、“国防部长”和“参谋总长”等高层长官在这里有专门办公、休息和指挥的常葫，而且“国防部”和“参谋本部”下属的各职能部门，也都有各自的作战区和生活区。
衡山指挥所的对外交通十分便利。平时，有多个出入口可供普通台军官进出，在“三军大学”内，则有一条为“中将”有二十时军官而设的隧道。“士林官邸”、松山机场和外双溪等要地，均有地下通道与衡山堡垒的中心指挥室相连。对身兼“三军统帅”的“总统”而言，更是考虑周全，一旦发生战事，不但可以从陆路，还可以从空中进入到地下指挥所内部。按台湾军方的描述：“总统府”前的广场即可作为直升机停机坪，从“总统府”搭直升机到最近的地下入口（即位于台湾东吴大学对面的军营），只需要2到3分钟，从这个入口到达指挥位置，也只需3到5分钟。
作为战略指挥中心，为适应现代化战争的需要，台湾也在尽量完善着衡山指挥所的通讯网络，迄今为止，台湾至少花费了数十亿新台币。从得到的罪行情报来看，以此为中心的“国防部”衡山指挥控制系统，与海军“大成”分系统，空军的“强网”分系统和陆军的“陆资”分系统连成了一个整体，不但可直达本岛各战区司令部，军团部以及海空军基地，而且由地下电缆和外岛的海底电缆连接，可以指挥金门、马祖、东引等岛的台湾部队。
为了进一步增强衡山堡垒的指挥控制能力，被视为台湾陆军“数字化战场基础”的“战术区域通信系统”（imse），也被安装到此处。它与台湾军队的“潜龙”光纤连接后，衡山堡垒可直接指挥旅以下的作战部队。“战术区域通信系统”（imse）曾被称为“美国陆军战术通信系统”，是美、台1998年军购交易的一部分。
衡山地下指挥所的各项设施岁已十分完善，但台湾方面对它的扩建计划并没有因此而停止。台湾军方早在80年代末，就有将“国防部”与“参谋本部”合并办公的意向。从1993年起，开始正式研究，定名为“博爱专案”，他的基本思想是：围绕衡山堡垒，将台湾军队最重要的军事指挥部门联成一体，构成一个“大直要塞区”，以便战时最大限度的提高指挥效率。这一方案的主题工程是兴建一座地上八层、地下两层的“国防大厦”，人也将其称为台湾版“五角大楼”，建成后，可以容纳5000到8000人在此办公。而这座台湾新的军事指挥中心，已经在三年前，延期两年后完工。
由此来看，衡山地下指挥中心正是台湾军队的最高指挥中心，也是台湾军队的核心。关于起重要性也就不用多说了。当战争爆发的时候，以陈水扁为首的台湾高级指挥官员将肯定躲避在此。而要想在最短的时间内达到解放台湾，完成祖国统一的目的，最简单的办法就是拔除以陈水扁为首的这伙叛国份子，用美国的话来说，就是以一次漂亮的“斩首”行动，用最小的代价来达到最大的收益。
当然，只依靠一次带有很大机会主意性质的行动来完成祖国统一，本身就不是一件可靠的事情。但是却不能忽视这方面的可能性。所以，搞清衡山地下指挥所的结构，并且在合适的时候执行一次外科手术式的打击，这却是非常有必要的事情。
不管是衡山地下指挥所，还是“佳山基地”、“志航基地”与“底下潜艇基地”，这些具有非常重要军事政治意义的目标都将是重点打击对象。而解放军手中也并不缺乏对付这些埋藏在地下数十米，甚至数百米深处的武器装备。
以解放军最新式的2000千克级钻地炸弹来说，其超过五十米的钻深已经足够对付任何一处地下基地了。但是要对付如同衡山地下指挥所与“佳山基地”这样庞大的地下基地系统，在没有确切情报支援的情况下，使用常规炸弹并不是件容易办到的事情。虽然钻地核弹有足够的威力摧毁这些目标，但是在这种统一性质的战争中是绝对不适合使用这种将受到极大指责的武器。所以，要想摧毁这些地下基地，最重要的就是获取足够的、准确的情报了。
而解放军手中欠缺的就是这些。光是一个衡山地下指挥所的情报就少得可怜，虽然这处台湾最重要，也是历史最悠久的地下基地已经兴建运做了几十年，但是解放军情报部门对其的了解仍然只限于皮毛。而“佳山基地”、“志航基地”与“地下潜艇基地”的情报就更少了。这也是为什么罗开并不把希望寄托在“斩首”行动上的主要原因。
当然，有困难并不表示要退缩，只要有希望就要争取成功。所以，在战前的情报收集中，对这几处地下基地的情报收集工作最为重要，但是取得的进展却很让人失望。而在战争目标的选择甄别中，该四处地下基地也被列为了最高的“甲a”级，也是仅有的四个“甲a”级目标。
除了这四处目标外，台湾军队的绝大部分基地也都得到了确认，并且按照优先顺序进行了安排。
台湾陆军方面，第6军团所在的桃园中坜；第10军团所在的台中；第8军团所在的旗山；台湾“花东防