一代芯片80386来推出自己的新产品，但ibm置之不理。
此时，pc/at虽仍以ms-dos3.0版作运行环境，但ibm与微软公司双方一致同意开发dos的扩展版本os/2。盖茨主张用不久后的80386芯片为运行基础，希望有更好的图形用户界面；但ibm强调新操作系统必须为80286芯片工作，os/2必须适应这种注定要被淘汰的芯片。盖茨不愿与ibm撕破脸皮，不动声色地派出人员参与os/2。1986年起，他开始暗中减少参与人员，而加强视窗2.0版的开发。
这时，康柏公司率先推出了80386微机，不久苹果推出麦金塔机，以其卓越的图形用户界面又对ibm当头棒喝。ibm这才意识盖茨的劝告多么重要。ibm负责人劳思对盖茨说，ibm也希望os/2在386芯片上运行。这意味着ms-dos要退出ibmpc领域，精明的盖茨竟答应了！
虽然os/2的推出将威胁到微软的系统软件市场，但未等os/2来淘汰ms-dos，盖茨自己将开发新东西来淘汰它。
到1987年，os/2项目的前景更加不妙，加之视窗1.0版市场反应一般，许多人认为视窗已死定了。盖茨坚持视窗第一、imb第二的原则，于1987年10月推出视窗2.0版和视窗386版。
兼容机厂商康柏和惠普等公司因不满ibm，立即宣布支持微软视窗
2.0版。尽管ibm的新操作系统并不逊色，但当它推出时，视窗已占有相当的市场。os/2的定价太高，又无足够的应用软件来支持，要驱逐dos谈何容易。
微软开发视窗的商业前景显而易见，dos仍占据66%的市场，而视窗将在dos下运行。商业利润如此之大，使盖茨敢于承担与ibm全面破裂的风险。盖茨把宝押在视窗3.0版上。
1990年5月22日，视窗3.0版问世。从此ibm个人电脑及其兼容机开始进入一个新纪元。3.0版当年即被评为最佳软件。微软的巨大投入获得了巨大的回报。